MyISAM と InnoDB では AUTO_INCREMENT 情報の扱いが異なるようです.

引用メモ.

InnoDB と MyISAM では AUTO_INCREMENT 値の扱いに違いがあり、InnoDB は再起動するとインクリメント値が挿入されているレコードのIDの最大値になり、MyISAM では再起動してもインクリメント値は保持される。
"" 中略 ""
冷静に考えれば InnoDB はメモリ上にインクリメント値を保存しているのでこの仕様も頷ける。

なるほどなるほど.
これは頭に入れておかないと結構たいへんそうです.

Ref.
http://d.hatena.ne.jp/miruto824/20090804/1249362494
http://ftp.ku.ac.th/pub/mirror/mysql/doc/refman/5.1/ja/innodb-auto-increment-column.html